Υπέρ του σχεδίου τάχθηκε η Τ/κ πλευρά, με ποσοστό 65%, η απόρριψη του όμως από την μία κοινότητα σήμαινε αυτόματα και μη εφαρμογή του.
Ο τότε Πρόεδρος της Κυπριακής Δημοκρατίας είχε καλέσει τον λαό να το καταψηφίσει, λέγοντας:
«Λυπούμαι ειλικρινά, γιατί δεν μπορώ να αποδεχθώ και να υπογράψω το Σχέδιο Ανάν όπως, τελικά, διαμορφώθηκε. Παρέλαβα Κράτος διεθνώς αναγνωρισμένο. Δεν θα παραδώσω κοινότητα χωρίς δικαίωμα λόγου διεθνώς και σε αναζήτηση κηδεμόνα. Και όλα αυτά έναντι κενών, παραπλανητικών, δήθεν, προσδοκιών. Έναντι της ανεδαφικής ψευδαίσθησης ότι η Τουρκία θα τηρήσει τις δεσμεύσεις της».
Λίγες μέρες μετά το δημοψήφισμα του 2004 η Κυπριακή Δημοκρατία έγινε πλήρες μέλος της ΕΕ. Σήμερα, κάποιες πτυχές του Σχεδίου Ανάν επανέρχονται κατά τις συνομιλίες και ξανασυζητούνται.
Ο νυν Πρόεδρος της Δημοκρατίας Νίκος Αναστασιάδης είχε ταχθεί τότε υπέρ του Σχεδίου Ανάν σαν Πρόεδρος του ΔΗΣΥ ωστόσο τώρα δηλώνει πως δεν πρόκειται να ευνοήσει επαναφορά του αν δεν υπάρξουν ουσιαστικές αλλαγές που να ευνοούν την πλευρά μας.