Η «Ορχήστρα των Χρωμάτων» ιδρύθηκε το 1989 από τον ίδιο τον Μάνο Χατζιδάκι, ο οποίος είχε οραματιστεί ένα επίλεκτο μουσικό σύνολο, το οποίο θα παρουσίαζε πρωτότυπα προγράμματα με συνδυασμούς έργων που συνήθως δεν καλύπτονται από συμβατικές συμφωνικές ορχήστρες.

Ο Χατζιδάκις ήθελε, τόσο η οργανωτική ευελιξία της ορχήστρας, όσο το υψηλό επίπεδο των μελών της και η προσαρμογή του αριθμού των δοκιμών στις απαιτήσεις του κάθε προγράμματος, να εγγυώνται ένα άρτιο καλλιτεχνικό αποτέλεσμα.

Αυτό που έκανε την χορωδία να ξεχωρίζει από μακριά ήταν η επιλογή ρεπερτορίου, το οποίο βρισκόταν πολύ μακριά από τα τυποποιημένα πρότυπα αφού αναδείκνυε άγνωστα αριστουργήματα του 20ού αιώνα ή νέες οπτικές γωνίες για παλαιότερες και λιγότερο γνωστές – συνθέσεις του κλασικού ρεπερτορίου.

Η πρώτη συναυλία με σολίστ τη Ντόρα Μπακοπούλου είχε δοθεί στις 23 Νοεμβρίου του 1989 στο θέατρο «Παλλάς», με το πρόγραμμα να περιλαμβάνει έργα των Vivaldi, Bach, Mozart και Brahms. Στους τέσσερις κύκλους συναυλιών που οργανώθηκαν από τον Νοέμβριο του 1989 έως τον Ιούνιο του 1993, ο Μάνος Χατζιδάκις περιέλαβε, εκτός από κλασικά έργα περισσότερο ή λιγότερο γνωστά, πολλά άγνωστα στην Ελλάδα έργα συνθετών (Copland, Menotti, Poulenc, Milhaud, Ohana,) του 20ού αιώνα. Έντονη παρουσία είχε φυσικά και η ελληνική μουσική (Πετρίδης, Βάρβογλης, Παλλάντιος, Ξενάκης) χωρίς παράλληλα να λείψουν και οι νεότεροι δημιουργοί (Ανισέγκος, Κριτσωτάκης). Ειδικά αφιερώματα είχαν γίνει στον Μανώλη Καλομοίρη, τον Νίκο Σκαλκώτα, τον Γιάννη Χρήστου και τον Μίκη Θεοδωράκη.

Εκτός από συναυλίες συμφωνικής μουσικής, οι τέσσερις κύκλοι περιελάμβαναν ατομικά ρεσιτάλ, μουσική δωματίου, αλλά ακόμη και μουσικοθεατρικές παραγωγές. Οι συναυλίες κατά τα δύο πρώτα χρόνια δινόντουσαν κυρίως στο «Παλλάς», ενώ από τον Απρίλη του 1991 οι περισσότερες δόθηκαν στο «Μέγαρο Μουσικής Αθηνών». Η Ορχήστρα παρουσίασε τα προγράμματά της κι εκτός Αθηνών σε Θεσσαλονίκη, Πάτρα και Βόλο.

Η τελευταία συναυλία που διηύθυνε ο ίδιος ο Μάνος Χατζιδάκις ήταν αυτή της 22ας Φεβρουαρίου του 1993 στο Μέγαρο Μουσικής Αθηνών, με τίτλο «Διαμαρτυρία κατά του Νεοναζισμού». Το πρόγραμμα της συναυλίας περιέχει και ένα κείμενο – μανιφέστο του μεγάλου Έλληνα συνθέτη κατά του νεοναζισμού, με τίτλο «Σκέψεις και παρατηρήσεις για το αναζωογονημένο φαινόμενο του νεοναζισμού». Τις επόμενες συναυλίες της περιόδου ’93-’94 διηύθυνε ο Μίλτος Λογιάδης, ο οποίος είχε ήδη συνεργαστεί με την Ορχήστρα από το 1991. Τα οικονομικά προβλήματα είχαν ήδη ξεκινήσει να κάνουν αισθητή την παρουσία τους.